La Directiva promou la protecció de totes les aigües (superficials, de transició, marines, zones humides i subterrànies) per tal de:
- Prevenir-ne el deteriorament i millorar l'estat dels ecosistemes aqüàtics.
- Promoure un ús sostenible de l'aigua a través de l'estalvi, la reutilització, etc.
- Assegurar la reducció progressiva de la contaminació i evitar noves agressions ambientals.
- Reduir els efectes d'inundacions i sequeres.

La finalitat de la Directiva és aconseguir un bon estat de l'aigua a través de mesures hidrològiques, ecològiques, econòmiques i socials. Els seus aspectes més destacables són:
- Diagnosticar l'estat ecològic -la salut- de les masses d'aigua per tal de determinar-ne l'estat ecològic, identificant les pressions, els impactes i els riscos que les condicionen: diagnòstic.
- Acordar com s'aconsegueix millorar la qualitat de les masses d'aigua i la redacció dels plans de gestió de conca i els programes de mesures necessaris per assolir els objectius ambientals.
- Valorar en temes econòmics la gestió basada en el principi de recuperació de costos.